医院已建设科研平台36个，其中三家福建省临床医学研究中心均获得国家临床医学研究中心福建分中心认定，获批厦门市唯一的细胞治疗研究中心，获批成立市首家临床医学研究院，获批首批省市级临床医学研究中心且获批数为厦门首位。厦门大学附属第一医院博士后工作站自2006年成立至今已培养博士后百余名，其中已培养出站博士后78名，目前在站博士后近50名。于2015年、2020年连续两届获评“国家优秀博士后科研工作站”，并多次获评福建省优秀博士后站点。2024年4月份得到国家博管办的批复，获得独立招收博士后研究人员的资格。已在国家局备案22个药物临床试验专业、34个医疗器械临床试验专业、5个特殊医学配方食品专业。目前共获得国家、省、市级课题1634项立项，其中国家自然科学基金247项，国家社会科学基金项目1项，国科金立项总数位居厦门市医疗系统首位。2025年国科金30项，2025年资助经费2377.1万元，均创下厦门卫生系统本年度最高纪录，学术影响力不断提高。“抗肿瘤新药临床评价技术示范性平台”获国家科技重大专项课题立项，是省医疗机构首次获得的国家科技重大专项课题。连续3年全国GCP机构药物临床试验量值排行榜综合医院榜前40名，获A+++评级，福建省内排名第一；获批仿制药一致性评价项目数量全国排名第十。共获各级各类科学技术奖98项，其中获省科技进步奖一等奖1项，市科技重大贡献奖2项，市科技进步一等奖9项，市科技创新杰出人才奖5项。